Ce service assure le diagnostic et le traitement des principales pathologies pulmonaires chroniques et aigues. Il est centre de recours pour l'HTAP, les pathologies interstitielles, le sommeil, les infections à mycobactéries non tuberculeuses. Plusieurs RCP régionales sont organisées : RCP d'oncologie thoracique, RCP de pathologies interstitielles, RCP Sommeil, et une RCP nationale (mycobactéries non tuberculeuses).

Ce service participe activement à la recherche clinique avec inclusion dans des protocoles institutionnels et industriels et gestion directement de certains d'entre eux (2 PHRC nationaux obtenus récemment, un 3^ème soumis). En termes de recherche clinique, il est le porteur d'un axe prioritaire de recherche, validé par l'HCERES.